Das ist natürlich möglich. Unter "setup" gibt es ein Untermenü zum output. Da kannst du für jeden Ausgang des Td-12 (Master-Out und Direct-Outs) auswählen, welche Tonquellen tatsächlich ausgegeben werden sollen (also Pads, Mix-In, aber auch internes Metronom etc.). Das kannst du relativ frei routen.
Die Einstellungen sind eigentlich recht intuitiv, im Notfall reicht ein kleiner Blick ins Handbuch.
Wenn du das gemacht hast, must du eigentlich nur noch z.B. den linken Masterout (oder eben andere, wenn stereo oder Sonderwünsche) mit deiner Soundkarte verbinden. Dazu benötigst du möglicherweise / vermutlich einen Adapter von einem 6,3 mm Klinkestecker auf einen 3,5 mm Klinkestecker. Ein fertiges Kabel mit entsprechenden Steckern ist hier aber deutlich besser geeignet, als handelsübliche Adapter für 50 Cent.
Übrigens könntest du auch den Mix-In auf die rechte Seite routen und dein Gespiele auf die andere. Dann hast bei deiner Aufnahme Playalong und Schlagzeug synchron und auf zwei Spuren.